تم إنشاء قسم التحقيق وهو عبارة عن عشرين محققا ومحققة متمكنين ثقافيا وعلميا من طلبة العلم الشريف، متدربين على الكمبيوتر. وفيه نقوم بطباعة المخطوطات ثم تصحيحها وتحقيقها بطريقة علمية حديثة.

أهداف قسم التحقيق:

1- إخراج كتب التراث الإسلامي اليمني من الخزائن والمكاتب الخاصة إلى الساحة.

2- تسهيل تناول الكتاب في أيدي الباحثين وسهولة الاستفادة منه، والبحث فيه.

3- الحفاظ على المخطوطات واستبدالها بالمطبوع السهل.

4- تحقيق التراث وإخراجه بصورة  جيدة موثقة صحيحة سليمة من الأخطاء منسقة.

5- انتشار الكتب بشكل سهل جدا من حيث توفر المرجع، ورخص قيمته، وتواجده في كل المكاتب.

خطة قسم التحقيق:

يتم وضع خطة قسم التحقيق وذلك من خلال قيمة الكتاب وحاجة المجتمع إليه وقد تم إخراج عدد من الكتب مرفقة قائمتها.