تم إنشاء قسم المخطوطات في جانب المكتبة والذي يتم فيه جمع وتصوير أو شراء المخطوطات وحفظها من التلف، ثم نقوم بتصويرها في أقراص سي دي لتسهل للباحثين الحصول.

وهناك مشرف خاص بالمخطوطات يقوم بتقديم المساعدة للباحثين، كما يقوم بالتعاون مع الجهات التي لديها  مخطوطات .

أهداف القسم:

1- حفظ المخطوطات من البيع والسرقة.

2- حفظ المخطوطات من التلف وتصويرها.

3- تسهيل الخدمة للباحثين حيث يعسر الوصول إلى أي مخطوط من عدة جهات.

عدد المخطوطات:

يبلغ عدد المخطوطات أكثر من 400 مخطوط. منها ما هو شراء ومنها ما هو وقف.

عدد المصورات:

يبلغ عدد المصورات أكثر من 1000 مصور منها ما هو مخطوط لدينا ومنها غير موجود.